業務中に交通違反を犯してそれを会社が負担した場合、それを経費にするかですが、会計上は経費で会計処理します。
しかし、税法上は罰金を経費にしてしまうと結果として法人税額が減少するという結果になってしまうため、損金不算入として法人税申告書で会計上費用計上している交通違反を損金不算入になるように調整します。
結果として業務上の交通違反の罰金は損金不算入という扱いになります。

会社が業務外の交通違反を負担した場合ですが、この場合は給料ということになり、給料だと源泉徴収を行わなければならないため、結果として源泉所得税を納税しなければならなくなります。