取引先によっては売上代金の入金が先方負担ではなく、当社負担の場合があります。
この場合2つの会計処理が考えられ、時には税額にも影響する場合がありますのでご紹介します。

普通に振込手数料は支払手数料とし、売掛金は普通に手数料が控除されずに入金があったものと処理する会計処理の方法がまず考えられます。

この場合
売上が10万円、代金入金の振込手数料が432円とすると
入金時に
（普通預金）99,568 （売掛金）100,000
（支払手数料）432

となります。

売上代金（売掛金）の振込手数料部分は売上の値引きとして売上のマイナスとして会計処理する方法がもう1つ考えられます。

同じ例だと
入金時に
（普通預金）99,568 （売掛金）100,000
（売上） 432

となり、売上の金額が振込手数料部分だけ減少になります。

消費税の簡易課税という消費税の計算方法は、実際の仕入金額ではなく、売上を6つの業種に区分して売上にみなし仕入れ率を乗じた金額を基に消費税の納税額を計算する方法です。
消費税の簡易課税の場合、上記2つの会計処理方法を比較すると

振込手数料を売上のマイナスとする会計処理

の方が売上の金額が少なくなるため、消費税の納税額が変わってきます。
これは売上のみを基準に消費税を計算するために生じるためであり、会計処理はどちらも正しいですが、場合により「振込手数料を売上のマイナスとする会計処理」の方が得になるので、選択してほうがよいでしょう。