消費税は、経理方法として税込で経理を行う税込経理と税抜で経理を行う税抜経理が存在しまうが、どちらを選択したほうが有利なのか気になるところです。
有利不利であれば、税抜経理の方が有利なケースもあるというのが結論です。
税法で登場する「○○円以下なら○○が選択できる」という場合の金額は基本的に税込経理であれば税込金額、税抜経理であれば税抜金額を指します。
分かりやすいのが、固定資産の少額減価償却資産のケースです。

10万円未満の固定資産は全額費用計上、10万円以上20万円未満は一括償却資産として3年（36ヶ月）で費用計上となりますが、この場合の10万円、20万円というのは会社が選択する会計処理方法に依存します。
そのため、税込経理だと10万円以上で税抜金額で10万円未満となる場合は税込経理では全額費用処理できず、税抜経理だと全額経費処理で良いことになります。
また、20万円以上30万円未満の固定資産は中小企業では一定限度までは全額支出した期に全額費用計上できる少額減価償却資産の特例が存在しますが、この場合の20万円、30万円というのも同様に判断します。