社長の個人の土地に自社ビルを建てたいという場合、法人が土地を無償で利用する形になってしまいます。
会社は営利目的で活動しているにも係わらず、地代を受領していないという場合はそれだけ便益を受けていることになるため、便益を受けているとされる金額が認定課税として課税されます。
相当の地代という地代を支払えば良いのですが、その場合、社長個人に不動産収入が発生するため、社長に不動産所得が生じてしまいます。

このような相当の地代なるものを支払うのは、会社が個人の土地を利用する便益を受けている（借地権）と判断されるためです。
ただ、わざわざ相当の地代なるものを支払いたくない場合や、相互で納得できる地代で家賃を支払いたい場合は、以下の土地の無償返還に届け出という方法があります。

「土地の無償返還に関する届出書」を提出すれば無償で土地を利用し続けても認定課税を見合わせてもらえます。
本当に地代を支払わないこともできますが、不動産の固定資産税は社長個人が負担しているため、実費相当額を支払うということにすることもできます。
また、地代の設定を使用貸借（無料ないし実費相当負担）にするのではなく、賃貸借にした場合は相続税の土地評価の際には使用貸借の場合の80％の土地評価で済みますので、相続税も気になるという場合は賃貸借にしても良いでしょう。