従業員を雇用する場合でも自身一人の会社で役員報酬を支払う場合でも源泉所得税は徴収して納税しなければなりませんが、計算方法としては以下の手順で給料計算を行います（以下日雇い労働者を除きます）。

まず、その給料の支払対象者がその年分の「給与所得者等の扶養控除等（異動）申請書」を提出しているのか確認しましょう。提出している方には甲欄、未提出の方には乙欄というものを適用します。
甲欄、乙欄というのは税務署が発行している「源泉徴収のしかた」に記載されています。
なお、多くの方はご存知かと思いますが、電車等の公共輸送機関を利用の場合は月10万円まで、車両等で通勤の場合は以下の表の金額が非課税限度額となります。
また、給料という名称ではなくても○○手当等の資格・役職に関する手当も給料に含まれ、実費の精算は立替金の精算になるので、原則として給料には含まれません。

マイカーなどで通勤している人の非課税となる1か月当たりの限度額の表

給料から社会保険料等を控除した残額に対して源泉所得税を計算するので、その計算を行います。
そして、「源泉徴収のしかた」にある、甲欄、乙欄の金額をあてはめて計算していくことになります。乙欄は計算になっているので電卓を準備しておけば便利です。